香港非典爆發後，人們終於走出了黑暗。當腦外科醫師程吉米（吳啟華飾）得知前女友過世的消息後，頓時情緒激動、自責沮喪。驗屍官順雅慶（黎姿飾）陪伴在他身邊，鼓勵他重建信仰。急診醫師李姑蘇（林保怡飾）結束了與女友的關係，卻愛上了骨科醫生易濤（吳美恆飾）和醫生鄭書琪（劉蓓兒飾），陷入三角關係。心臟科醫生林滿子（陳浩飾）不幸感染非典，離開續集。為了保全自己的名譽，他隱瞞了自己的病情，但病情卻一天天惡化。產科醫生萬安生（邵梅 飾）和急診醫生項長仁（高永林 飾）打算長相廝守。但由於護士大宇（姚建一飾）的介入，他們面臨情緒考驗。《妙手3》是香港TVB製作的現代醫學紀錄片電視劇《妙手》的第三部。製片人齊齊一和編劇周旭明的黃金組合精心打造了這部「大師系列」。該系列的風格延續了前兩個系列的經典特徵。醫護人員一如既往地協助現場拍攝，繼續講述執勤醫護人員的故事…